針對外界質疑農地上非法工廠「就地合法」，經濟部今天澄清強調，政府於102年核定通過「輔導未登記工廠合法經營方案」共6項輔導措施及5項配套措施，以積極作為有效掌握未登記工廠資訊並予以納入管理，在兼顧公平正義及環境保護原則下，「有條件就地輔導」其合法經營，以避免擴增環境污染及公共安全，絕對不是「無條件就地合法」。另外，經濟部也希望地方政府能配合查處及裁罰未登記的工廠。

依經濟部資料，目前輔導中的地下工廠現計709個，依面積、區位條件、廠地規模及產業發展必要性等畫分為186區，其中112區位於特定農業區。

經濟部強調，不可能讓未登記工廠無條件就地合法，立法院在99年修訂「工廠管理輔導法」第34條，是針對97年3月14日以前既有的低污染未登記工廠，同意其在符合環保、消防、水利、水土保持等公共安全前提下，於101年6月2日前補辦工廠登記的權宜條款，後因立法院朝野委員提案延長臨時工廠登記期限，並於103年1月立法院三讀通過第34條修法，將補辦登記受理期間延長3年至104年6月2日止，輔導期間也順延3年至109年6月2日。

經濟部並說明，工廠完成臨時工廠登記後，其土地使用分區並未改變，業者同時必須繳交登記回饋金，才能在輔導期間暫時免除區域計畫法及都市計畫法等相關法規處罰規定，在輔導期間還必須依相關法令辦理土地變更編定、報編工業區及申（補）領建物使用執照，以取得土地及建築物的合法使用或遷廠至合法用地營運，逾期該工廠臨時登記將自動失效。

經濟部並表示，位於特定農業區之工廠，必須經農委會及內政部實質把關審查，考量農地現況條件、區內工廠是否會影響或污染附近農業生產環境、附近農地是否為優良可耕作的農地等，並符合全國區域計畫及土地使用管制相關規定才能調整為一般農業區，絕非地方政府送件就可以變更。

此外，研擬中的「經濟部公告特定地區整體(個別)變更編定為丁種建築用地興辦事業計畫審查作業要點」條文（草案），也規定特定地區需位屬特定農業區以外且已補辦臨時工廠登記，符合環保、消防、水保、水利且需負擔公共設施及配置適當隔離綠帶，不影響或污染其周邊農業生產環境，同時繳交農地變更回饋金者，業者才有機會申請變更廠地為丁種建築用地，更不是「無條件就地合法」。

經濟部呼籲，未登記工廠應儘速於今年6月2日截止期限前，提出補辦臨時工廠登記之申請。此外，由於未登記工廠的查處與裁罰權責機關為直轄市、縣（市）政府，且地方主管機關訂有稽查機制，經統計，截至目前為止，各地方政府共查獲未登記工廠1,739家，因此經濟部也表示，地方政府應依權責查處與裁罰未登記工廠，維護合法業者的權益。