今年國內水情吃緊，為避免在今年5月底前提前進入第三階段限水(分區供水)，經濟部及農委會等單位在考量糧食安全充足、穩定公共給水的原則下，決定停灌部分灌區移用農業用水，但此措施也引來外界質疑供水政策重工輕農。

水利署澄清強調，由用水比例來看，農業用水佔整體用水70％，民生用水佔20％，工業用水佔10％，目前天候是「嚴重乾旱」缺水率達50％以上，水源不夠分配；經評估，如石門、曾文、明德等多標的水庫，目前公告之停灌區即使農業用水不予停灌而改停供工業用水，仍然無法充足供應今年第1期稻作（含雜作）用水，反而有因旱象導致重大農損的可能，並有提早執行第3階段限水的可能性。

外界質疑，依水利法第18條規定，農業用水供給應優先工業用水。水利署表示，水利法第19條規定，水源之水量不敷公共給水，並無法另得水源時，主管機關得停止或撤銷前條第1項第1款以外之水權。因此依該條內容，限制枯旱時期農業用水停灌、自來水停止及限制供水並不受第18條順序辦理的限制。

水利署並強調，供水政策一向以民生優先考量並盡量滿足各標的用水需求，水利署早在去年9月起就開始進行各項民生、工業及農業節水措施，才使去年第2期稻作得以順利完成供灌，沒有發生農損情形。　　

另針對外界批評停灌決議是黑箱作業，水利署強調指出，停灌決策自去年9月起即先經由北、中、南各區水資源局先行邀集地方政府、自來水公司及農田水利會等單位研商，再由水利署召開會議，逐步由下而上，共同凝聚共識，最後由經濟部3次召開旱災災害緊急應變小組跨部會工作會議，過程均有各縣市政府與會共同討論決定，會議紀錄也都公布上網，決策過程由完全透明公開。

經濟部另外強調，政府非常重視農民的權益，農地停灌的補助由經濟部、科技部、台水公司負擔。同時，經濟部未來也將持續推動管線汰換、耗水費徵收等政策，以健全國家用水政策。